La estructura del nuevo Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente, que se ha desprendido de la Secretaría de Estado de Medio Rural y ha traspasado las competencias de agua a la Secretaría de Estado de Medio Ambiente, que es la única que permanece, contará con cuatro direcciones generales: la Oficina Española de Cambio Climático, la de Calidad y Evaluación Ambiental y Medio Natural, la de Sostenibilidad de la Costa y del Mar y la ya citada Dirección General del Agua. De la Subsecretaría dependerán la Secretaría General Técnica y la Dirección General de Servicios.

Las competencias agroalimentarias estarán en la nueva Secretaría General de Agricultura y Alimentación, de la que dependerán los siguientes órganos directivos: la Dirección General de Producciones y Mercados Agrarios; la Dirección General de Sanidad de la Producción Agraria; la de Industria Alimentaria, y, por último, la Dirección General de Desarrollo Rural y Política Forestal. Finalmente, también se crea la Secretaría General de Pesca, que contará con las Direcciones Generales de Ordenación Pesquera y de Recursos Pesqueros y Acuicultura.